Molekularni biolog, ki je zašel v umetnost

Biološki informatik Nejc Haberman, ki se je dolgo imel »le« za računalničarja, se je z biologijo srečal šele tik pred doktorskim študijem. Zanimajo ga zlasti nepričakovani in v analizah mikrobiološkega podatkovja navadno spregledani ter zanemarjeni signali. »Naš genetski kod bi lahko opisali kot filmski trak – prave sličice morajo biti razporejene v pravem vrstnem redu, da dobimo pravi film,« osnove genetske biologije ilustrativno orisuje sogovornik. Zveni zapleteno, kajne?



Haberman poskuša na čim bolj preprost način pojasniti svoje delo. Na končno verzijo tega tako imenovanega filma, ki ga omenja zgoraj, vpliva mnogo dejavnikov. Proces med drugim vključuje mnogo rezanja in kopiranja traku. Ko je končna verzija izdelana, ostanejo neporabljene sličice. Nekatere so uničene, ne pa vse. Zanimajo ga prav te, ki ostanejo – tako imenovani stabilni fragmenti RNK. »Zakaj ne razpadejo? Imajo v zgodbi celice kakršen koli pomen? Na to še nimamo pravih odgovorov.« Nejc Haberman raziskave posveča temu, da bi našel odgovore.



Kot biološki informatik ne izvaja laboratorijskih poskusov, temveč analizira podatke drugih raziskovalcev. Pri mikrobioloških podatkih občasno nastajajo nepričakovane nepravilnosti oziroma šumi. Pogosto so sicer posledica metodologije, napak pri merjenju ali makroskopskih sprememb v okolju, a včasih ima ta šum biološko ozadje, neki smisel, ki ga še ne razumemo – taki primeri ga pritegnejo. Slovenski raziskovalec je z leti »razvil nos za prepoznavo, kdaj bi lahko pri šumih šlo za nekaj biološkega«.

Na šum lahko vpliva že mikrosprememba v koncentraciji ali temperaturi. Prisotnih je ogromno faktorjev, saj je raven opazovanja molekularna. Njemu samemu se zdi zanimivo zlasti to, da se signal, ki sproži kopiranje molekule RNK, ne pojavi, kot bi pričakovali, le na začetku genskega zapisa, temveč ponovno tudi pri koncu. Obstaja več raziskav, ki so poskušale najti odgovor, zakaj, a nobena ni popolnoma uspela. Sam ima tezo, da se s signalom déli genskega zapisa, ki bi bili sicer odstranjeni in razgrajeni, stabilizirajo s točno določeno funkcijo. »Pri poskusih na miših so ugotovili, da če se del, ki bi se moral s tem signalom stabilizirati, namesto tega odstrani, to negativno vpliva na razvoj možganov. Da bi dobili celotno sliko, bo potrebnega še veliko dela«, pravi 33-letnik.
 

Od računalničarja do biologa …

Med izobraževanjem se je z biologijo srečal le na najosnovnejši ravni. Vedno ga je zanimala tehnika, še zlasti računalništvo. Že pri izbiri srednje šole se ni odločil za gimnazijo, temveč za tehnično računalniško srednjo šolo, se nato usmeril v študij računalništva, na magisteriju pa spoznal program bioinformatike, ki so ga tedaj ravno zagnali na mariborski fakulteti za zdravstvene vede. Nenadoma se je zavedel, kako je mogoče združiti računalniško znanje z biologijo. »Nikoli nisem bil biolog«, pojasni med smehom.



Proti koncu magistrskega študija je naletel na oglas profesorja Jerneja Uleta, ki je iskal računalničarja za svojo ekipo v tujini. »Prijavil sem se in opravil razgovor, dva tedna kasneje pa že letel v Cambridge.« Tam se je prvič seznanil z molekularno biologijo. »Bil je ogromen preskok, nenadoma sem bil obdan s samimi strokovnjaki za to področje.« Vendar pa ti strokovnjaki hkrati niso imeli poglobljenega znanja o računalniški analizi podatkov in programiranju. »Precej časa sem potreboval, preden sem dojel, kaj počnejo in kako lahko tudi jaz pripomorem k temu.« Delo ga je zelo pritegnilo in odločil se je, da bo nadaljeval z doktoratom.

Za nekaj mesecev se je vrnil v Slovenijo, zaključil magistrski študij, odšel nazaj ter na londonskem Univerzitetnem kolidžu doktoriral pod mentorstvom Jerneja Uleta in računalniškega biologa Nicholasa Luscomba. Med študijem so se Nejčevo zanimanje, pristop in celo identiteta počasi spremenili. »Od nekdaj sem se počutil predvsem kot računalničar, ne biolog. Sprva me je ob branju bioloških člankov pritegnila metodologija, zlasti način analiziranja podatkov in program, ki so ga za to uporabljali. Danes me najbolj zanimata vsebina raziskave in njen pomen za biologijo,« je Haberman opisal svoj prehod od informatika do biologa.
 

Znanje informatike velika prednost

Morda se sliši nenavadno, a je v resnici znanje informatike tudi v biologiji svojevrstna prednost. Če analiziraš podatke, imaš ogromno svobode in različnih možnosti. Ogromno je raziskovalnih skupin, ki vsak dan objavijo morje novih, na internetu dostopnih podatkov, ki pa običajno niso do konca analizirani. Laboratorijske raziskave lahko trajajo leta, analiza na drugi strani vzame precej malo časa. »Večina podatkov ni analiziranih niti do polovice. Ogromen preskok se je zgodil, ko sem se zavedel, da lahko sam postavljam biološka vprašanja in dobivam odgovore z analizo dostopnih podatkov.«



Naslednji korak na njegovi poti je postati samostojen, dobiti torej denar na razpisu in ustanoviti svojo raziskovalno skupino. Rad bi nadaljeval raziskavo delcev RNK, ki proti pričakovanjem ostanejo stabilni in katerih funkcij še ne poznamo. Najprimernejše mesto za to je seveda London, kjer je denarja za tovrstne raziskave veliko, je pa veliko tudi raziskovalnih skupin in Haberman mnoge že dobro pozna. Čeprav je življenje v Londonu izjemno drago, gre vendarle za mesto, ki »ponuja vse«. O selitvi v domovino ne razmišlja, saj London ponuja toliko več možnosti na vseh področjih, z letalom pa je Slovenija oddaljena le dve uri. Domov se redno vrača.
 

In od biologa do glasbenika …

Kako pa je znanstvenik zašel v umetnost, natančneje v glasbene vode? Čeprav že osem let živi v tujini, ves ta čas deluje kot basist slovenskega benda Jazoo. Na daljavo jim je v tem času uspelo posneti tri studijske albume in izpeljati več mednarodnih turnej. Je pa v Londonu sestavil še svojo skupino. Sprva je pesmi ustvarjal sam s pomočjo elektronskih zvočnih naprav, nato pa čisto slučajno spoznal kitarista, s katerim sta se ujela in ustanovila Sons of Viljems.



Ne le dogajanje v celicah, ki ga raziskuje, tudi glasba, ki jo ustvarja, zveni izrazito filmsko. »Znanost in umetnost se čudovito dopolnjujeta, le najti je treba pravo razmerje med njima,« pojasnjuje Haberman. Ker je z glasbo v Londonu težko preživeti, je zanj to za zdaj predvsem sprostitev med znanstvenim delom.